Apple Business Manager（ABM）で購入した VPP ライセンスの情報は、アップロード済みの VPP トークンをもとに Apple 社より情報連携され、その結果のライセンス数を Applications 画面に表示しています。
情報連携は Apple 側の処理などの関係上、購入直後は反映されず、ライセンス数の反映までは半日から1日程度かかる場合があります。
CLOMO では夜間処理で連携をおこなっていますが、任意のタイミングで反映したい場合は、アプリケーションライセンス数を更新するを実施してください。

ライセンス数の更新ができない場合は、VPP サービストークンの更新をお試しください。
なお、VPP トークンの再アップロード作業はすでに配布済みのアプリケーションに対しての影響はありませんので、ご安心ください。