Apps and Books 画面から不要なアプリを削除するには、対象のアプリを選択し、このアプリケーションの操作より「管理画面のアプリケーション一覧から削除」コマンドを実行してください。
複数のアプリを削除する場合は、対象のアプリを複数選択して同様に操作します。

ただし、VPP を利用して配布したアプリを削除する場合は、事前にデバイスやユーザーに割り当てた VPP ライセンスを剥奪してから削除する必要があります。

デバイスに VPP ライセンスを付与したまま Apps and Books 画面からアプリを削除すると、デバイスやユーザーに割り当てた VPP ライセンスが剥奪できなくなります。
また、デバイスやユーザーに割り当てた VPP ライセンスが残存している状態だと、デバイスを MDM 管理下から外したい場合に、管理画面上からの完全削除ができません。

そのため、事前に削除したいアプリを配布しているデバイスおよびユーザーからVPP ライセンスを剥奪し、VPP ライセンスの「ユーザー割当数」と「デバイス割当数」が、0（すべて剥奪されている状態）であることを確認のうえ、削除操作を実施してください。
VPP ライセンスの使用状況は、Apps and Books 画面でアプリを選択し、右側の詳細画面にて確認できます。