削除しようとした組織が、いずれかのアプリの「公開組織（アプリを配布可能な組織）」に設定されていることが原因です。このまま組織を削除すると、該当のアプリの公開組織が「全社」になります。
該当のアプリ名を確認したい場合は、CLOMO PANEL の Applications > 左下の「組織構成」> 削除したい組織名を選択してください。
該当のアプリを全社公開にしたくない場合は、CLOMO PANEL の Applications > アプリを選択 >「公開設定を編集」にて公開組織を変更してから組織を削除してください。