Applications に登録済みのアプリケーションが削除できない場合、同アプリが自動インストールアプリケーションとして設定されていることが原因として考えられます。
CLOMO PANEL の仕様上、全体または組織に対して自動インストールアプリケーションの設定をおこなっている場合、Applications における同アプリの「公開設定の編集」画面で、「削除」ボタンが非表示となります。

そのため、自動インストールアプリケーションに設定したアプリについては、自動インストールアプリケーションの設定を外してから、Applications でアプリの削除を実施してください。